宏基因组测序（mNGS）在临床上的应用越来越广泛，较为常见的是对诸如血液、脑脊液、肺泡灌洗液、关节液等非脓性体液样本进行病原学检测。年伊始，医院Jean-FrancoisTimsit等在《IntensiveCareMedicine》(IF=19)杂志上将血浆游离DNA（cfDNA）的mNGS检测作为新的血流感染(BSI)早期诊断方法写入专家共识，肯定了血浆cfDNA的mNGS检测在临床病原微生物鉴定的良好前景。
让我们先回顾一下之前的一些争论，予果生物早些时间也做了解读：
年12月美医院的科学家们在JAMA重磅子刊《JAMAOncology》（IF=22.4）发表其在儿童癌症患者血流感染病原体预测方面的研究：47名参与者中，有12名患者共计发生了19例血流感染，其中16例具有可供预测分析的预测样本；研究发现，在患者BSI发生前三天的预测期内，通过MicrobialcellfreeDNA测序(mcfDNA-seq)在12个样本中检测到了和最终血培养结果一致的病原体，预测敏感性为75%（12/16），以15例细菌感染统计，预测敏感性为80%（12/15）；同时，BSI发生当天的诊断敏感性为83%（15/18），细菌感染的诊断敏感性为88%（15/17）；在33个阴性对照样本中，27个样本未检测到细菌或真菌，特异性为82%，有30个样本未检测到常见的BSI病原体，特异性为91%；结果表明，mcfDNA-seq有潜力在高危儿童癌症患者BSI发病前预测75%BSI发生，且除BSI相关病原体外，还检测到感染免疫缺陷患者的病*和侵入性真菌。
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然而斯坦福大学医学院一实验室于年1月份在《ClinicalInfectiousDisease》(IF=9.0)发表了多中心研究成果：血浆mNGS阳性检出率为50/82(61.0%)，25/50.0%有2-8种病原感染，其中血浆mNGS检验结果阳性影响6例(7.3%)，阴性影响3例(3.7%)，无影响71例(86.6%)，不确定影响2例(2.4%)；血浆mNGS阳性结果和临床影响的病例涉及细菌和/或真菌，但不涉及DNA病*或寄生虫；在接受16次重复试验的10例患者中，只有1例与临床影响相关；因此，作者认为血浆mNGS对感染的非侵入性诊断的实际临床影响非常有限。
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危重症患者血流感染专家共识
研究背景
血流感染是指有全身感染症状的患者的血液培养呈阳性，有继发性和原发性之分。该共识主要针对脓*血症患者的感染来源、治疗药物和检测方法进行了规范化总结。研究统计发现，社区获得性(CA)和医院获得性(HA)脓*症和脓*症休克各占血流感染的40%，ICU获得性病例约占20%。大部分血流感染患者预后不良，治疗周期长、用药史复杂，早期诊断和合理用药是治疗血流感染的关键因素。此外，宏基因组检测感染病原(mNGS)cfDNA作为新的血流感染早期诊断方法被写入该共识。
研究方法
1.BSI患者抗菌疗法的选择
在危重患者中使用何种抗菌剂治疗血流感染(BSI)的决定取决于几个相互重叠的因素
1)治疗的经验性或针对性;(2)推定的或者经证实的感染源;(3)怀疑或证实存在抗菌素耐药性;(4)怀疑或证实有念珠菌感染。综合以上因素考虑，危重患者BSI抗菌疗法的选择，以及它们对多药耐药病原体的活性和推荐剂量在此共识中都有推荐。
2.用药监测（TDM）
由于不能准确预测危重患者的PK（药代动力学）和PD（药效学），即便患者的慢性和急性特征以及预期的药物行为都有考量，TDM仍然适合用于危重患者的抗菌治疗。实际上，对于用万古霉素或氨基糖苷类药物治疗的患者，TDM似乎有利于减少*性和/或改善临床反应。
3.ICU患者血流感染的单药或联合治疗
经验联合治疗方案的主要目标是最大限度地给予至少一种具有抗病原体活性的药物。然而，一旦抗菌药物敏感实验结果可用，继续使用双方案而不是单一活性药物的好处还有待商榷。联合治疗可能协同防止或推迟耐药突变体的选择，特别是对铜绿假单胞菌和其他非发酵革兰氏阴性病原体感染治疗中，但是也会放大副作用；更多临床数据表明，联合治疗的好处实际上可能仅限于病情最严重的病人，而对于病情较轻的患者，坏处大于好处。
4.BSI检测方法比较
脓*症患者病原体的检测仍以血培养为金标准，有厌氧和好氧血培养之分，然而，血培养的生长时间过长，赶不上脓*血症患者病情发展；
此外，还能通过分子生物学PCR技术、质谱技术对血标本直接进行病原体和耐药基因或蛋白的检测。但这些方法不是敏感性和特异性不高，就是成本大、后期分析要求高，得不到广泛应用。
近年来下一代测序(NGS)方法和机器学习方法在诊断BSI方面显示出了良好的效果。临床宏基因组学对血浆游离核酸（cfDNA）进行测序，以识别病原体并推断其对抗菌素的敏感性。已有研究表明，与健康志愿者相比，脓*症患者血浆cfDNA的绝对浓度升高，cfDNA序列可以识别常规培养方法遗漏病原体。一份涉及名患者的研究报告称，cfDNA测序的敏感性为93%，但特异性仅为63%。血浆宏基因组测序鉴定出的细菌比培养的多得多，62/个样本用常规方法阴性，但在cfDNA测序中发现了微生物。值得注意的是，cfDNA检出周期在6h，非常适用临床血流感染重症患者。
专家共识
对于BSI重症患者治疗，本共识共形成20个指导意见：
在与医疗相关性BSI中，多重耐药菌引起的感染愈来愈多。血浆cfDNA测序检测方法对于病原体敏感性高、检测周期短还能进行抗菌素敏感性分析，能迅速锁定致病病原和得到用药信息，并指导阳性培养，从而确定并控制BSI的来源，进行针对性治疗。
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医院合伙人：--
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